В 853 г. король Людовик II Немецкий построил церковь и женский монастырь, в котором жили женщины из знатных европейских семей. Монастырь находился под покровительством королей, а настоятельницы монастыря обладали правом чеканить монеты Цюриха вплоть до XIII в. После реформации церкви и монастыри были переданы под управление города.

Значимыми архитектурными элементами считаются романские хоры и поперечный неф. Последняя реставрация продольного нефа проводилась в 1911 г., а в XVIII столетии была надстроена северная башня и снесена южная.

Знаменитым украшением церкви помимо самого большого органа в кантоне Цюрих с 5 793 трубами являются цветные витражи. Северные витражи поперечного нефа (1945) были созданы Аугусто Джакометти, дядей Альберто Джакометти. Состоящий из пяти частей цикл витражей в хоре (1970) и розетка в южном поперечном нефе (1978) – произведения Марка Шагала. В галерее вокруг монастырского двора расположен цикл фресок Поля Бодмера, повествующий о создании Фраумюнстер.